Церковь Малой Шалги построена в формах позднего классицизма и является почти точной копией каменного Покровского храма, расположенного неподалеку, в деревне Большая Шалга. Над основным объемом сооружен невысокий восьмерик, перекрытый восьмигранным куполом. Над углами четверика установлены небольшие изящные главки, которые подчеркивают пирамидальную композицию храма. Судя по единству композиции, колокольня была срублена одновременно с церковью. Живописное расположение храма подчеркивается окружающим его густым лесом.
В 2013 году участники экспедиции проекта «Общее Дело. Возрождение деревянных храмов Севера» укрепили стропильную конструкцию крыши над алтарем, над поврежденными участками была возведена консервационная кровля. В алтаре был отремонтирован и укреплен пол. Также были расшиты от досок окна, находящиеся под куполом храма. Вместо досок волонтеры затянули оконные проемы плотным армированным полиэтиленом, который пропускает свет. Участники экспедиции привезли и передали в дар храмовую икону Смоленской Божией Матери, а также 12 Праздничных икон, которые были установлены в иконостасе.
Во время расчистки храма были найдены серебряные с позолотой богослужебные сосуды, в том числе Чаша. Предметы были завернуты в аналойную накидку и спрятаны между иконостасом и алтарной перегородкой. Никем не замеченный, сверток 76 лет пролежал под почти метровым слоем мусора.Всего было найдено шесть богослужебных предметов – Чаша, дискос, звездица, лжица, две тарели. Найден также священнический красный пасхальный поруч.
10 августа 2013 года, в день празднования Смоленской иконы Божией Матери, в храме состоялась Божественная Литургия, которую совершил игумен Феодосий (Курицын), настоятель храма Покрова Пресвятой Богородицы в д. Казаково Каргопольского района. Сослужил ему клирик Московского храма в честь святителя Митрофана Воронежского, иерей Димитрий Николаев. Литургия служилась на вновь обретенной Чаше.
Впервые после закрытия храма в 1930-х годах был совершен крестный ход.