По своей пространственно-композиционной структуре храм представляет собой массивную трехчастную постройку – огромный двухэтажный четверик, пристроенные к нему с запада прямоугольную трапезную и алтарную часть с востока.
Удивляет, что такая огромная конструкция храма – бескаркасная, т.е. несущие вертикальные конструкции – сами стены сруба. Но для дополнительной жёсткости столь внушительной конструкции были установлены дополнительные стены-перегородки, крестообразно пересекающиеся в центре основного четверика.
Опираются они в валунный фундамент, уложенный без раствора.
Особого внимания заслуживает завершение основного объема храма – кубоватое покрытие. Такая форма была характерна для Поморья (его Карельских и Поморских берегов) и северной части Поонежья.Можно вспомнить такие примеры как близкий к Нименьге Никольский храм в Унежме – так же с достаточно большим кубом и одной главкой, Петропавловский храм в Вирме с его слегка вытянутым кубом и пятиглавием, Богоявленский храм в деревне Поле (Есинская), где куб несколько округлый с одной главкой, Владимирская церковь в Подпорожье, с аккуратным пятиглавым кубом и похожий на него Преображенский храм в Турчасово.
Считается, что кубоватое покрытие в Нименьге было возведено последним и сохранило в себе все особенности этой древнерусской формы.
Сама конструкция куба рублена «в реж» и покрыта тёсом.
На кубе установлены 5 главок – одна центральная и 4 боковые. Главки покрыты лемехом.
Верхняя часть храма была холодной (летней), там располагались престолы в честь Преображения Господня и Рождества Иоанна Предтечи. На втором этаже мы видим два яруса окон, что позволяло лучше осветить это высокое пространство.
Нижний этаж был тёплый (зимний), там находились престолы в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и священномученика Климента папы Римского.
Трапезная часть храма двускатная, достаточно пологая. Вход в храм находится с южного фасада трапезной.
Алтарный прируб пятигранный, окна на нём так же в два ряда – первого и второго этажа. Интересно, что восточная стена алтаря глухая. Покрытие алтаря пятискатное. Но так было не всегда –когда-то там была установлена небольшая бочка с главкой.
Колокольня, как мы знаем, сохранившаяся от тройника XVIII века, имеет традиционную для Поморья и нижней Онеги конструкцию – от земли идёт достаточно высокий четверик, переходящий в аккуратный восьмерик с повалом. Ярус звона венчал когда-то шатёр. Но в середине XIX века шатровое завершение колокольни было заменено на невысокий купол, со шпилем. Тогда же колокольня подверглась частичной реставрации, путём переборки, и в это же время она была обшита снаружи тёсом.